Film keempat dan terakhir dari seri film Evangelion membangun kembali.
Empat belas tahun setelah Dampak Ketiga, Bumi adalah gurun pasca-apokaliptik, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang dikenal Shinji hampir tidak dapat dikenali. Terjebak di dalam Evangelion Unit-01, ia ditemukan dari luar angkasa oleh Asuka dan Mari, hanya untuk menemukan dirinya sebagai tahanan Wille, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan walinya Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutunya memandangnya dengan kecurigaan dan menolak untuk mendukungnya saat dia menerima dari tindakannya.
Shinji yang terluka dan bingung diselamatkan dari Wille oleh Rei dan dikembalikan ke markas Nerv. Di sana, dia bertemu dan dengan cepat berteman dengan Kaworu Nagisa yang penuh teka-teki, yang menawarkan kehangatan dan wawasan tentang keadaan perang Nerv dengan para Malaikat. Tapi jeda singkatnya Shinji dan Kaworu terletak pada pertempuran malam baru, di mana Shinji menemukan bahwa musuh-musuhnya bukan lagi Malaikat tetapi mantan rekan seperjuangan. Dalam konfrontasi pahit untuk menentukan masa depan dunia ini, Shinji akan belajar secara langsung bahwa masa lalu benar-benar tidak dapat dibatalkan.
